В основу районирования положен геолого-структурный принцип. В соответствии с ним в регионе выделено четыре природно-ресурсных района: Ангаро-Ленский, Саяно-Байкальский и Юго-Восточный Забайкальский, а также небольшой на востоке региона – Чарский, а в каждом из первых трех – по три-четыре природно-ресурсных подрайона.
Каждый из районов и подрайонов имеет свою структуру основных разновидностей природно-ресурсного потенциала с определенной приоритетностью природных ресурсов. Так, в Ангаро-Ленском районе преобладает водный (в том числе гидроэнергетический) потенциал, важное место принадлежит лесопромышленному и топливно-энергетическому; имеются также минерально-сырьевые, земельные и рекреационные ресурсы. В остальных районах преобладает минерально-сырьевой потенциал; в Саяно-Байкальском районе за ним следуют водный, рекреационный, лесной и земельный, а в Юго-Восточном Забайкальском – лесопромышленный, водный и земельный.