Большой и непоправимый урон материалам, хранящимся в Губернском архиве, нанёс громаднейший пожар 1879 г.

Вечером 24 июня вспыхнули Мещанские торговые ряды со всеми своими товарами. А вместе с ними загорелся и архив. Н. С. Романов пишет:

«Когда деревянная крыша Мещанских торговых рядов прогорела и обрушилась, и вспыхнули сухие старые дела, то образовался гигантский фейерверк. Силою ветра горящие дела высоко неслись в воздухе, а вместе с ними и негоревшие, которые, говорят, потом и находили по дорогам крестьяне».

Сгорел не только Губернский архив, но и все архивы и дела всех общественных и казённых учреждений, включая и таможенные дела, которые незадолго до пожара были в числе сорока тысяч привезены из Троицкосавска. Кроме того, в пожаре был уничтожен архив немецко-польских миссионеров, в котором числились дела и различные бумаги с 1745 г. Едва ли не единственными сохранившимися материалами стали некоторые древние свитки, отправленные по требованию в 1877 г. в Московский Центральный архив.

Иркутские повествования. 1661 - 1917 годы. В 2 т. / Автор-составитель А. К. Чернигов. Иркутск: "Оттиск", 2003. Т. 2.