И фонды музея были бы ещё более богатыми, если бы не несчастье 1879 г., когда большой иркутский пожар нанёс непоправимый ущерб музею Географического общества.

В огне пожара полностью погибла богатая библиотека, в фондах которой насчитывалось 10227 книг. Были почти полностью уничтожены многочисленные коллекции музея, в которых имелось 22 330 различных естественно исторических, этнографических и археологических предметов. Также исчезли в огне большое число старых дел различных учреждений Сибири, драгоценные рукописи и свитки, относящиеся ещё к периодам царствования Ивана Грозного, и многие другие единицы хранения.

Иркутские повествования. 1661 - 1917 годы. В 2 т. / Автор-составитель А. К. Чернигов. Иркутск: "Оттиск", 2003. Т. 2.