Первая каменная Кладбищенская церковь закладывается 11 сентября 1793 г. По окончании строительства и отделки церковь 11 ноября 1795 г. освящается во имя Входа в Иерусалим Господа нашего Иисуса Христа. Эта церковь прослужила более семидесяти лет. И всё это время церковь поддерживалась добровольными пожертвованиями капиталов, а также церковной утвари.
Так, в октябре 1864 г. Иркутская купчиха Е. И. Останина со своим сыном Иннокентием пожертвовала Кладбищенской церкви серебряную вызолоченную ризу на икону Божией Матери. Риза была украшена стразами весом 18 фунтов 62,5 золотника. Кроме того, Евгения Ивановна Останина передала церкви прекрасной работы киот с рамою и посеребренный подсвечник. Основные средства на строительство новой Иерусалимской церкви по просьбе священнослужителей этого храма выслал проживающий в Москве иркутский купец Иван Логгинович Медведников. Немалую лепту своих трудов и средств внес староста этой церкви иркутский купец Дмитрий Дмитриевич Демидов.
14 июня 1867 г. Духовная консистория даёт разрешение на разборку старой церкви, а также на начало постройки нового тёплого кладбищенского храма во имя Входа Господа в Иерусалим и Святителя Митрофана, епископа Воронежского.
Часть материала, полученного при разборке старой церкви, было употреблено при строительстве нового храма. Разборка старой церкви началась в июле этого же года. Разборка, как свидетельствуют летописные источники, показала, что церковь - была не особенно ветха и при небольшом ремонте ещё могла существовать много лет, представляя собой образец постройки конца XVIII столетия».
Через восемь месяцев церковь была обновлена и приукрашена. Уже по случаю престольного праздника 24 марта 1868 г. в новой Иерусалимской церкви было совершено торжественное богослужение, совершённое митрополитом Иннокентием в сослужении иркутского архиепископа Парфения, епископа Вениамина и городского духовенства. Главный придел во имя Святой иконы Иерусалимской после ремонта и правок освящается в 1890 г. А 12 мая 1891 г. архиепископ Вениамин в сослужении епископа Агафангела и городского духовенства совершает освящение вновь выстроенного придела во имя Святого Митрофания Воронежского, чудотворца.
В окончательном виде церковь Входа Господа в Иерусалим — это каменная одноэтажная трёхпридельная церковь. Выстроена она была по проекту томского архитектора А. П. Деева в стиле позднего классицизма. К 2000 г. иркутскими архиваторами А. П. Бельским и Р. П. Томских был выполнен проект её реставрации.
Иркутские повествования. 1661 - 1917 годы. В 2 т. / Автор-составитель А. К. Чернигов. Иркутск: "Оттиск", 2003. Т. 1.